Simulazioni di dinamica molecolare in sistemi compessi. Tecniche avanzate di simulazione a campionamento potenziato. Simulazioni di non equilibrio. Metodi alchemici e costanti di binding host-guest
Computational Chemistry (II ed.)
CJ Cramer
Wiley
ISBN 0-470-09182-7.
Dispense a cura del docente
Obiettivi Formativi
I metodi computazionali sono oggi di importanza decisiva nell studio delle proprieta' dei sistemi chimici complessi. Il corso mira a fornire gli elementi di base per un moderno approccio alla chimica computazionale nell'ambito dei materiali e dei sistemi di interesse biologico.
Prerequisiti
nessuno
Metodi Didattici
Lezioni frontali.
Esercitazioni pratiche al computer
Modalità di verifica apprendimento
Esame orale
Programma del corso
Ensemble termodinamici. Insieme microcanonico, canonico ed
isotermo-isobaro. Interazioni intra ed intermolecolari. Force field
classici per MM.
Docking molecolare.
Funzioni di score. Autodock4, Vina.
Dinamica molecolare di sistemi complessi. Periodic
Boundary conditions ed interazioni elettrostatiche a lungo
raggio. Integrazione numerica delle equazioni del moto. Simulazioni a
temperatura e pressione costante. Simulazioni a campionamento
esaltato. Umbrella Sampling, Simulazioni a scambio di repliche,
metadinamica. Tecniche di simulazione di non equilibrio. Teorema di
Jarzynski e teorema di Croooks. Metodi "alchemici" per la
determinazione delle costanti di affinita' nei sistemi host-guest.