Il Proteoma. Tecniche elettroforetiche. Elettroforesi bidimensionale. Tecniche cromatografiche “multidimensionali”. Spettrometria di massa delle proteine. Identificazione di proteine. Metodi per il sequenziamento polipeptidico. Metodi per l’analisi proteomica differenziale. Modificazioni covalenti delle proteine e loro analisi. Proteomica differenziale e funzionale. Analisi in vitro e in vivo dei complessi proteici.
Libri di testo:
Biochimica e biologia molecolare. Principi e tecniche. di K. Wilson and J. Walker. Raffaello Cortina editore
Reviews e articoli scientifici sui principali argomenti
Obiettivi Formativi
Conoscenze:
Preparazione campioni, estrazione, purificazione. Tecniche elettroforetiche, cromatografiche e spettrometria di massa. Principi e applicazioni di proteomica differenziale e funzionale.
Competenze acquisite
Il corso è indirizzato a far acquisire allo studente le capacità di scegliere l’adeguata metodica per l'analisi proteomica di un campione e per l'dentificazione di proteine. Viene affrontata anche la valutazione critica dei risultati ottenuti. Valutazione dell’importanza e dei limiti degli studi proteomici.
Capacità acquisite al termine del corso:
Gli studenti avranno la capacità di predisporre esperimenti mediante approccio proteomico.
Prerequisiti
Corsi vincolanti: Biochimica. Corsi di laboratorio.
Corsi raccomandati: Biochimica Cellulare, Biologia Molecolare, Analisi dei Processi Biologici con Approccio Bioinformatico.
Metodi Didattici
Attività in aula: 44
Attività di laboratorio (lezioni in laboratorio): 12
Le lezioni verranno inserite su Moodle.unifi accessibile tramite password che sarà comunicata agli studenti
Altre Informazioni
Frequenza delle lezioni ed esercitazioni:
frequenza fortemente consigliata
Strumenti a supporto della didattica
La strumentazione in dotazione presso la sezione di Biochimica del Dipartimento di Scienze Biomediche Sperimentali e Cliniche, verrà usata per effettuare lezioni dimostrative ed esercitazioni pratiche.
Orario di ricevimento: tutti i giorni previo appuntamento
Modalità di verifica apprendimento
Lo studente verrà valutato con un colloquio orale sugli argomenti trattati durante le lezioni e durante le attività di laboratorio. In particolare verrà considerata la conoscenza e l’approfondimento degli argomenti chiesti, la capacità di ragionare, la visione d’insieme della materia, la chiarezza espositiva, l’utilizzo di un linguaggio con terminologia appropriata.
Programma del corso
Il Proteoma. Strategie per lo studio proteomico. Preparazione del campione. Elettroforesi bidimensionale. Rivelazione delle proteine su gel. Tecniche di western-blotting. Analisi delle immagini. Tecniche cromatografiche (HPLC). Spettrometria di massa applicata all’analisi di proteine: metodi di ionizzazione e analizzatori. Digestione in-gel e finger print. Identificazione di proteine. Metodi per il sequenziamento polipeptidico. Accoppiamento LC-MS. LC-MS/MS. Analisi quantitativa delle proteine. Metodi per l’analisi proteomica differenziale (DIGE; ICAT, iTraq..). SILAC. Modificazioni covalenti delle proteine e loro analisi. Proteomica differenziale e funzionale. Protein arrays. Analisi in vitro e in vivo dei complessi proteici. Identificazione e caratterizzazione dei siti di interazione.